Die EAV arbeitet mit verschiedenen anderen Behörden und schweizerischen Institutionen eng zusammen. Für Prävention durch Information und Aufklärung ist auf Bundesebene das Bundesamt für Gesundheit BAG federführend. Ein enger Kontakt wird auch mit Sucht Schweiz in Lausanne gepflegt. Die Eidgenössische Zollverwaltung EZV erhebt im Auftrag der EAV an der Grenze die Alkoholsteuer auf importierten Spirituosen und anderen alkoholhaltigen Produkten. Zu den Partnern in der Bundesverwaltung gehören ausserdem das Bundesamt für Landwirtschaft BLW und das Staatssekretariat für Wirtschaft Seco. Die EAV kooperiert zudem mit den Branchenorganisationen, insbesondere mit dem Schweizerischen Spirituosenverband, dem Schweizerischen Brennerverband und dem Schweizerischen Obstverband. 

Direktion und Ressourcen

Der Bereich Ressourcen ist der Direktion unterstellt. Er umfasst folgende Organisationseinheiten: Informatik, Personal und Zentrale Dienste, Finanzen und Controlling sowie das Revisorat. Der Bereich Kommunikation ist hingegen direkt dem Direktorat unterstellt.

Ethanol und Spirituosen

Die Organisationseinheit Ethanol und Spirituosen (ES) konzessioniert die Produktionsbetriebe, überwacht die Herstellung sowie die Ein- und Ausfuhr von Spirituosen und nimmt die Besteuerung vor.Sie überwacht ferner die Markttrennung zwischen unbesteuertem Ethanol und besteuertem Trinksprit und die Verwendung des Ethanols im kosmetischen, pharmazeutischen sowie chemisch-technischen Bereich.

Recht und Markt

Die Organisationseinheit Recht und Markt (RM) ist für die rechtlichen Aspekte im Zusammenhang mit dem Vollzug des Alkoholgesetzes zuständig. Dazu gehören u.a. die Wahrung der Interessen der EAV sowie die Erledigung sämtlicher Aufgaben in Rechtsetzungsverfahren. Die RM verfolgt und beurteilt Widerhandlungen gegen das Alkoholrecht, etwa Verstösse gegen die Handels- und Werbebestimmungen.

Alcosuisse

Das Profitcenter Alcosuisse ist für den Handel mit hochgradigem Alkohol bzw. Ethanol zuständig. Im Berner Hauptsitz ist ein neunköpfiges Team für den Einkauf der Rohstoffe sowie den Verkauf der Fertigprodukte verantwortlich. Die Kundenaufträge werden je nach Qualität des Ethanols, der Lieferfrist und dem Domizil des Kunden an die Mitarbeitenden der Betriebe in Schachen (LU) und Delémont (JU) weitergeleitet.